A Nagyboldogasszony-templomot a törökök 1541-től mecsetként használták. Amikor Buda 1686-ban felszabadult, az épületet a jezsuiták foglalták el, akik a királyné adományából hamarosan rendbe hozták. A zenészek karzatát is felszerelték, és 1688-ban Széchényi György esztergomi érsek egy száz forint értékű pozitív-orgonát adományozott a templomnak. Alig hét évvel később Esterházy Pál, a zenekedvelő és zeneszerző nádor a zenés misék fényének emelésére kibővíttette a templom kórusát s arra új, valószínűleg nagyobb orgonát állíttatott.

Esterházy orgonája közel három évtizeden át működött. 1723-ban egy tűzvész során a templom homlokfala bedőlt és elpusztította a hangszert. A jezsuiták még ugyanabban az évben újraboltoztatták a kórust és hamarosan új, „felette alkalmas” orgonával szerelték fel. A budai rendház a század közepén élte virágkorát, a templomot még fényesebben rendezték be. Ekkor kötöttek szerződést egy bizonyos Martin nevű orgonaépítővel, aki – valószínűleg 1747-ben – két egyforma hangszert készített a várbeli jezsuita és ferences, azaz a Nagyboldogasszony- és a Mária Magdolna-templom részére. Erről sajátkezű beírása tanúskodott az utóbbi templom 1934-ben lebontott orgonájának két fasípján.

1768-ban ismét nagyobb hangszer építésébe fogtak egy rendtárs 2015 forintos örökségéből. Az építőt nem ismerjük. Ez az orgona szólt Liszt Ferenc Koronázási miséjében is, 1867-ben. 1874-ben, amikor megkezdték a templom újjáépítését, eladás céljából felbecsültették, ennek köszönhetően igen részletes leírás maradt fenn róla. Sorsáról közelebbit nem tudunk, szerződése szerint Dangl Antal aradi orgonaépítő vette át, aki a következő hangszert építette.

A csaknem húsz évig tartó restaurálási munkák után megnyitott koronázó templomba Dangl készített új orgonát. Ennek faragott, neogótikus háza Schulek Frigyes tervei szerint készült. Az orgonaszekrényen álló angyalszobron Liszt Ferenc arcvonásait vélik felismerni. A mai orgona keretéül is az 1893-as szekrény szolgál. Dangl orgonája hárommanuálos, mechanikus, kúpládás hangszer volt. Hamarosan kiderült, hogy szegényes diszpozíciója, valamint szerkezeti hiányosságai miatt a templom zenei és művészi igényeinek nem tud megfelelni. Új hangszert kellett építeni, amelyhez Ferenc József magyar királlyá koronázásának 40. évfordulója alkalmából – magánpénztárából – 50 000 koronát adományozott.

A munkával a jägerndorfi Rieger orgonagyárat bízták meg, amely 1909-ben Sugár Viktor tervei szerint építette fel a későromantikus stílusú, négymanuálos, 77 regiszteres orgonát (Op. 1500) amelyet a Király orgonájának neveztek. Ennek egy részét, a IV. manuál sípjait a kor divatjának megfelelően a templom padlásán helyezték el, hangját egy 14 méter hosszú facsövön, a mennyezeten keresztül vezették a templomhajóba. Az északi, úgynevezett „kis zenekarzatra” is terveztek orgonát, azonban ez ekkor nem készült el.

A hangszert 1931-ben (ismét Sugár tervei szerint) a Rieger gyár budapesti üzeme bővítette 86 regiszteresre. Az átépítés során a padlásról lehozták a sípokat, és az orgona belső elrendezését rendkívül előnytelen módon megváltoztatták. Az óriási játszóasztalt kisebbre cserélték és – Európában először – amerikai rendszerű Setzer-kombinációval szerelték fel, ami lehetővé tette különféle hangszín-összeállítások eltárolását, nagyban megkönnyítve az orgonista munkáját előadás közben.

Az 1944-es szovjet ostrom során erősen megsérült hangszert a háború után ideiglenesen rendbe hozták. Teljesen átintonálták, a szélellátás elégtelensége miatt lefojtották, hangja kifejezéstelen, fakó lett. Állapota egyre romlott, végül elkerülhetetlenné vált az átépítése.

Az új orgona tervezésére 1979-ben Gergely Ferenc, Koloss István, Baróti István és templomunk orgonaművésze, Hock Bertalan közreműködésével bizottság alakult. A sokrétű igényeknek leginkább olyan „szimfonikus” orgona felelt meg, amely felhasználva a régi hangszer értékes és még megmenthető sípjait és szerkezeti elemeit, egyesíti a romantikus és barokk stílusjegyeket.

Az újjáépítést a csehországi Krnovban működő Rieger-Kloss orgonagyár végezte egy év leforgása alatt. 1984 januárjában avatták fel az új, ötmanuálos, 85 regiszteres, 8 soros (Setzer) kombinációval ellátott, elektropneumatikus traktúrájú orgonát (RIEGER Op. 3540.)

A nagyorgona átadása után épült meg az eredetileg a sekrestye fölött található Máltai lovagok kápolnájába (eredetileg kis zenekarzat) tervezett, majd méltatlan módon, „ideiglenesen” a templom Szentháromság-kápolnájában elhelyezett, kétmanuálos, 18 regiszteres távmű. Ez a hangszer megszólaltatható volt a nagyorgona játszóasztaláról, de önállóan is a liturgia vagy a templomtérben rendezett koncertek alkalmával.